Catedrático de Medicina Legal de la Universidad de Santiago (USC) desde 1989. Director de la Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (Servizo Galego de Saúde-Xunta de Galicia) desde 1997, Director del Centro Nacional de Genotipado-ISCIII desde 2002.
En un primer paso de su carrera, la actividad de Ángel Carracedo se dedicó principalmente a la genética forense y de poblaciones, convirtiéndose en un destacado genetista forense, siendo pionero en el uso de las nuevas tecnologías en la identificación forense y creando un centro donde se forman científicos visitantes de todo el mundo. Su grupo lidera la producción científica en el área SCI de ciencias legales y forenses a nivel mundial Director del Instituto de Medicina Legal (USC) de 1995 a 2015. Desde 2002 trabaja también en el área de genética clínica donde ha puesto en marcha la Fundación Gallega de Medicina Genómica (actual director). Este centro está realizando la mayor parte de los análisis de genética molecular y citogenética solicitados por el Sistema de Salud de Galicia, dando cobertura a una población de 3,5 millones de habitantes y siendo uno de los servicios genéticos públicos más importantes de España. La mayor parte de la investigación reciente de AC ahora se concentra principalmente en la genética de los rasgos mendelianos y complejos y, en particular, en los trastornos psiquiátricos. Es coordinador del proyecto IMPACT (ISCIII) y del grupo espejo de la 1+M Genome Initiative y ha participado en más de 20 proyectos internacionales (coordinando 7 de ellos).