Transcriptómica

El sistema de secuenciación Masiva (Next Generation Sequencing o NGS) tiene un amplio rango de aplicaciones, cada vez más numerosas, en todos los estudios o proyectos de investigación que impliquen análisis de ácidos nucleicos.
En la actualidad, esta plataforma está equipada con un equipo NextSeq 2000 System de Illumina, el cual ofrece todas las ventajas de esta tecnología puntera y con la que se están consiguiendo resultados prometedores en los últimos años.

La tecnología que utiliza el NextSeq2000 de Illumina se basa en la secuenciación por síntesis (SBS), donde el seguimiento de los nucleótidos marcados se lleva a cabo de manera simultánea a la copia de la cadena de ADN.

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Esta tecnología permite secuenciar millones de fragmentos de forma masiva y en paralelo, mejorando la velocidad y la precisión de secuenciación al tiempo que reduce su coste.

El sistema de secuenciación Illumina NextSeq 2000 ha sido provisto con un novedoso sistema óptico de súper resolución que produce datos de imágenes de alta precisión con una mayor resolución y sensibilidad que los sistemas de Illumina más tradicionales.

Esta tecnología proporciona además mayor flexibilidad de secuenciación, escalable a diferentes necesidades experimentales de producción, y adaptable a aplicaciones tanto convencionales como emergentes.
(Tecnología de video https://youtu.be/fCd6B5HRaZ8)

La flexibilidad de la tecnología hace que la plataforma sea adaptable a una amplia gama de aplicaciones y aplicable a proyectos con objetivos de secuenciación diversos:

Secuenciación de transcriptoma

El sistema Nextseq 2000 ofrece una gran flexibilidad para los estudios de secuenciación de ARN, que requieren diferentes profundidades de secuenciación y longitudes de lectura dependiendo de la complejidad, el tamaño y los objetivos del estudio:

• Secuenciación de ARN total. Analiza las regiones codificantes y múltiples formas de ARN no codificante para obtener una imagen completa del transcriptoma.

• Secuenciación de ARNm. Detecta y cuantifica transcriptos nuevos y conocidos para obtener perfiles de expresión completos y precisos.

• Perfiles de expresión génica. Permite secuenciar conjuntamente múltiples librerías de ARN en una única carrera de secuenciación obteniendo una imagen rápida de los genes más expresados ​​con sólo unas pocas lecturas por muestra.

• Secuenciación de ARN dirigida. Selecciona y secuencia transcriptos de interés específico para estudios de perfiles de expresión génica.

• Secuenciación de ARN pequeño (ARNs) y MicroARN (miARN). Permite consultar miles de secuencias de ARNs y microARN con una alta sensibilidad .

Secuenciación del exoma humano y genoma de microorganismos

• Secuenciación de genomas pequeños. Secuencia el genoma completo de una bacteria, virus u otro microbio.

• Secuenciación del exoma humano. Captura y secuencia la región codificante de las proteínas del genoma, una alternativa rentable a la secuenciación de genoma completo.

Secuenciación de paneles dirigidos

Los paneles de genes dirigidos y de expresión génica dirigida secuencian solamente regiones genómicas o transcriptómicas de interés. Son herramientas útiles para analizar mutaciones específicas, carga mutacional, inestabilidad de microsatellites, genotipado de HLA, expresión del repertorio TCR o de de perfiles de fusiones génicas….

Las aplicaciones de la secuenciación de paneles dirigidos incluyen:

• Secuenciación genómica personalizada. Selección y secuenciación de regiones específicas del genoma que tienen un interés de investigación específico: por ejemplo, rutas biológicas específicas o experimentos de seguimiento de estudios de asociación de todo el genoma o secuenciación de genoma completo.

• Paneles prediseñados para la secuenciación de genes dirigidos. Contienen regiones genómicas fijas o genes asociados con una enfermedad, un fenotipo o una ruta biológica. Están disponibles para la investigación de diversas enfermedades como cáncer, trastornos hereditarios, trastornos raros, trastornos cardíacos, trastornos neurológicos, enfermedades inmunitarias, etc.

Otras aplicaciones posibles

-Secuenciación de ADN libre circulante y análisis de biopsia líquida
-Análisis de la cromatina (ChIP-Seq, ATAC-Seq)
-Secuenciación de la metilación de ADN
-Secuenciación del ARN ribosómico (ARNr) 16S y del espaciador transcrito interno (ITS)
-Perfiles metagenómicos (metagenómica, metatranscriptómica)
-Secuenciación de ADN y ARN de célula única

Nuestro servicio incluye todas las etapas de soporte que necesite tu proyecto, desde la consultoría y asesoramiento experimental, hasta el apoyo técnico para el desarrollode protocolos de secuenciación, la gestión de materiales, los análisis de las muestras y el correspondiente análisis de datos bioinformáticos para su publicación.

Asesoramiento experimental
Nuestra plataforma de secuenciación proporciona asesoramiento experimental para una amplia variedad de proyectos de investigación que requieran:

• Secuenciación de ARN total
• Secuenciación de ARNm
• Secuenciación de pequeños ARNs y miARN
• Perfiles de expresión genética
• Secuenciación completa de pequeños genomas
•Secuenciación del exoma humano completo (basada en la tecnología de enriquecimiento)
• Secuenciación de paneles de genes específicos (basados en la tecnología de enriquecimiento o de amplicones de PCR)
• Secuenciación de ADNct, Chip-Seq, ATAQ-seq y cualquier otra aplicación genómica, con previa evaluación de la solicitud.

Apoyo técnico
Ofrecemos soporte técnico para el completo desarrollo del protocolo de secuenciación:
• Diseño experimental de proyectos de secuenciación
• Extracción de ácidos nucleicos de diferentes tipos de muestras: sangre, saliva, hueso o tejido incrustado en parafina fijado con formalina (FFPE).
• Control de calidad e integridad de las muestras
• Preparación y control de calidad de las librerías de NGS
• Secuenciación de las librerías de NGS

Gestión de materiales
Proporcionamos la gestión y pedido de los reactivos necesarios para la preparación de las librerías de NGS, celdas de flujo y cartuchos para la aplicación de secuenciación requerida.

Análisis de datos bioinformáticos
Entregamos los resultados en formatos de archivo de secuenciación que contienen los datos sin procesar y ofrecemos procesamiento y análisis especializados de datos NGS: control de calidad, de-multiplexación, alineamiento y análisis posteriores.

Tarifas

IVA no incluido