Transcriptómica

O sistema de secuenciación Masiva (Next Generation Sequencing o NGS) ten un amplio rango de aplicacións, cada vez máis numerosas, en tódolos estudos ou proxectos de investigación que impliquen análise de ácidos nucleicos. Na actualidade, esta plataforma está equipada cun equipo NextSeq 2000 System de Illumina, o cal ofrece tódalas vantaxes desta tecnoloxía punteira e coa que se están conseguindo resultados prometedores nos últimos anos.

A tecnoloxía que utiliza o NextSeq2000 de Illumina baséase na secuenciación por síntese (SBS), onde o seguemento dos nucleótidos marcados lévase a cabo de maneira simultánea á copia da cadea de ADN.

​

Esta tecnoloxía permite secuenciar millóns de fragmentos de forma masiva e en paralelo, mellorando a velocidade e a precisión de secuenciación ao tiempo que reduce o seu coste.

O sistema de secuenciación Illumina NextSeq 2000 foi provisto cun novedoso sistema óptico de súper resolución que produce datos de imaxes de alta precisión cunha maior resolución e sensibilidade que os sistemas de Illumina máis tradicionais.

Esta tecnoloxía proporciona ademáis maior flexibilidade de secuenciación, escalable a diferentes necesidades experimentais de produción, e adaptable a aplicacións tanto convencionais como emerxentes.
(Video https://youtu.be/fCd6B5HRaZ8)

A flexibilidade da tecnoloxía fai que a plataforma sexa adaptable a unha ampla gama de aplicacións e aplicable a proxectos con obxectivos de secuenciación diversos:

Secuenciación de transcriptoma

O sistema Nextseq 2000 ofrece unha gran flexibilidade para os estudos de secuenciación de ARN, que requiren diferentes profundidades de secuenciación e lonxitudes de lectura dependendo da complexidade, o tamaño e os obxectivos do estudo:

• Secuenciación de ARN total. Analiza as rexións codificantes e múltiples formas de ARN non codificante para obter unha imaxe completa do transcriptoma.

• Secuenciación de ARNm. Detecta e cuantifica transcriptos novos e coñecidos para obter perfiles de expresión completos e precisos.

• Perfiles de expresión xénica. Permite secuenciar conxuntamente múltiples librerías de ARN nunha única carreira de secuenciación obtendo unha imaxe rápida dos xenes máis expresados ​​con só unhas poucas lecturas por mostra.

• Secuenciación de ARN dirixida. Seleciona e secuencia transcriptos de interese específico para estudos de perfiles de expresión xénica.

• Secuenciación de ARN pequeno (ARNs) e MicroARN (miARN). Permite consultar miles de secuencias de ARNs e microARN cunha alta sensibilidade.

Secuenciación do exoma humano e xenoma de microorganismos

• Secuenciación de xenomas pequenos. Secuencia o xenoma completo dunha bacteria, virus ou outro microbio.

• Secuenciación do exoma humano. Captura e secuencia a rexión codificante das proteínas do xenoma, unha alternativa rentable á secuenciación do xenoma completo.

Secuenciación de paneis dirixidos

Os paneis de xenes dirixidos e de expresión xénica dirixida secuencian soamente rexións xenómicas ou transcriptómicas de interese. Son ferramentas útiles para analizar mutacións específicas, carga mutacional, inestabilidade de microsatélites, xenotipado de HLA, expresión do repertorio TCR ou de perfiles de fusións xénicas….

As aplicacións da secuenciación de paneis dirixidos inclúen:

• Secuenciación xenómica personalizada. Seleción e secuenciación de rexións específicas do xenoma que teñen un interese de investigación específico: por exemplo, rutas biolóxicas específicas ou experimentos de seguemento de estudos de asociación de todo o xenoma ou secuenciación de xenoma completo.

• Paneis prediseñados para a secuenciación de xenes dirixidos. Conteñen rexións xenómicas fixas ou xenes asociados cunha enfermidade, un fenotipo ou unha ruta biolóxica. Están dispoñibles para a investigación de diversas enfermidades como cáncer, trastornos hereditarios, trastornos raros, trastornos cardíacos, trastornos neurolóxicos, enfermidades inmunitarias, etc.

Outras aplicacións posibles

-Secuenciación de ADN libre circulante e análise de biopsia líquida
-Análise da cromatina (ChIP-Seq, ATAC-Seq)
-Secuenciación da metilación de ADN
-Secuenciación do ARN ribosómico (ARNr) 16S e do espaciador transcrito interno (ITS)
-Perfiles metaxenómicos (metaxenómica, metatranscriptómica)
-Secuenciación de ADN e ARN de célula única

O noso servizo inclúe tódalas etapas de soporte que necesite o teu proxecto, dende a consultoría e asesoramento experimental, ata o apoio técnico para o desenvolvemento de protocolos de secuenciación, a xestión de materiais, as análises das mostras e o correspondente análise de datos bioinformáticos para a súa publicación. Asesoramento experimental A nosa plataforma de secuenciación proporciona asesoramento experimental para unha amplia variedade de proxectos de investigación que requiran: • Secuenciación de ARN total • Secuenciación de ARNm • Secuenciación de pequenos ARNs e miARN • Perfís de expresión xenética • Secuenciación completa de pequenos xenomas •Secuenciación do exoma humano completo (baseada na tecnoloxía de enriquecemento) • Secuenciación de paneis de xenes específicos (baseados na tecnoloxía de enriquecemento ou de amplicóns de PCR) • Secuenciación de ADNct, Chip-Seq, ATAQ-seq e calquera outra aplicación xenómica, con previa avaliación da solicitude. Apoio técnico Ofrecemos soporte técnico para o completo desenvolvemento do protocolo de secuenciación: • Deseño experimental de proxectos de secuenciación • Extracción de ácidos nucleicos de diferentes tipos de mostras: sangue, saliva, oso ou tecido incrustado en parafina fixado con formalina (FFPE). • Control de calidade e integridade das mostras • Preparación e control de calidade das librerías de NGS • Secuenciación das librerías de NGS Xestión de materiais Proporcionamos a xestión e pedido dos reactivos necesarios para a preparación das librerías de NGS, celas de fluxo e cartuchos para a aplicación de secuenciación requerida. Análises de datos bioinformáticos Entregamos os resultados en formatos de arquivo de secuenciación que conteñen os datos sen procesar e ofrecemos procesamento e análises especializados de datos NGS: control de calidade, de-multiplexación, aliñamento e análises posteriores.

Tarifas

IVE non incluído