Transcriptómica
Equipamento
Na actualidade, esta plataforma está equipada cun equipo NextSeq 2000 System de Illumina, o cal ofrece tódalas vantaxes desta tecnoloxía punteira e coa que se están conseguindo resultados prometedores nos últimos anos.
Descrición
Esta tecnoloxía permite secuenciar millóns de fragmentos de forma masiva e en paralelo, mellorando a velocidade e a precisión de secuenciación ó tiempo que reduce o seu custo.
O sistema de secuenciación Illumina NextSeq 2000 está provisto cun novidoso sistema óptico de súper resolución que produce datos de imaxes de alta precisión cunha maior resolución e sensibilidade que os sistemas de Illumina máis tradicionais.
Esta tecnología proporciona además mayor flexibilidad de secuenciación, escalable a diferentes necesidades experimentales de producción, y adaptable a aplicaciones tanto convencionales como emergentes.
(Tecnología de video https://youtu.be/fCd6B5HRaZ8)
La flexibilidad de la tecnología hace que la plataforma sea adaptable a una amplia gama de aplicaciones y aplicable a proyectos con objetivos de secuenciación diversos:
Secuenciación de transcriptoma
El sistema Nextseq 2000 ofrece una gran flexibilidad para los estudios de secuenciación de ARN, que requieren diferentes profundidades de secuenciación y longitudes de lectura dependiendo de la complejidad, el tamaño y los objetivos del estudio:
• Secuenciación de ARN total. Analiza las regiones codificantes y múltiples formas de ARN no codificante para obtener una imagen completa del transcriptoma.
• Secuenciación de ARNm. Detecta y cuantifica transcriptos nuevos y conocidos para obtener perfiles de expresión completos y precisos.
• Perfiles de expresión génica. Permite secuenciar conjuntamente múltiples librerías de ARN en una única carrera de secuenciación obteniendo una imagen rápida de los genes más expresados con sólo unas pocas lecturas por muestra.
• Secuenciación de ARN dirigida. Selecciona y secuencia transcriptos de interés específico para estudios de perfiles de expresión génica.
• Secuenciación de ARN pequeño (ARNs) y MicroARN (miARN). Permite consultar miles de secuencias de ARNs y microARN con una alta sensibilidad .
Secuenciación del exoma humano y genoma de microorganismos
• Secuenciación de genomas pequeños. Secuencia el genoma completo de una bacteria, virus u otro microbio.
• Secuenciación del exoma humano. Captura y secuencia la región codificante de las proteínas del genoma, una alternativa rentable a la secuenciación de genoma completo.
Secuenciación de paneles dirigidos
Los paneles de genes dirigidos y de expresión génica dirigida secuencian solamente regiones genómicas o transcriptómicas de interés. Son herramientas útiles para analizar mutaciones específicas, carga mutacional, inestabilidad de microsatellites, genotipado de HLA, expresión del repertorio TCR o de de perfiles de fusiones génicas….
Las aplicaciones de la secuenciación de paneles dirigidos incluyen:
• Secuenciación genómica personalizada. Selección y secuenciación de regiones específicas del genoma que tienen un interés de investigación específico: por ejemplo, rutas biológicas específicas o experimentos de seguimiento de estudios de asociación de todo el genoma o secuenciación de genoma completo.
• Paneles prediseñados para la secuenciación de genes dirigidos. Contienen regiones genómicas fijas o genes asociados con una enfermedad, un fenotipo o una ruta biológica. Están disponibles para la investigación de diversas enfermedades como cáncer, trastornos hereditarios, trastornos raros, trastornos cardíacos, trastornos neurológicos, enfermedades inmunitarias, etc.
Otras aplicaciones posibles
-Secuenciación de ADN libre circulante y análisis de biopsia líquida
-Análisis de la cromatina (ChIP-Seq, ATAC-Seq)
-Secuenciación de la metilación de ADN
-Secuenciación del ARN ribosómico (ARNr) 16S y del espaciador transcrito interno (ITS)
-Perfiles metagenómicos (metagenómica, metatranscriptómica)
-Secuenciación de ADN y ARN de célula única
Servizos
Asesoramento experimental
A nosa plataforma de secuenciación proporciona asesoramento experimental para unha amplia variedade de proxectos de investigación que requiran:
• Secuenciación de ARN total
• Secuenciación de ARNm
• Secuenciación de pequenos ARNs e miARN
• Perfís de expresión xenética
• Secuenciación completa de pequenos xenomas
•Secuenciación do exoma humano completo (baseada na tecnoloxía de enriquecemento)
• Secuenciación de paneis de xenes específicos (baseados na tecnoloxía de enriquecemento ou de amplicóns de PCR)
• Secuenciación de ADNct, Chip-Seq, ATAQ-seq e calquera outra aplicación xenómica, con previa avaliación da solicitude.
Apoio técnico
Ofrecemos soporte técnico para o completo desenvolvemento do protocolo de secuenciación:
• Deseño experimental de proxectos de secuenciación
• Extracción de ácidos nucleicos de diferentes tipos de mostras: sangue, saliva, oso ou tecido incrustado en parafina fixado con formalina (FFPE).
• Control de calidade e integridade das mostras
• Preparación e control de calidade das librerías de NGS
• Secuenciación das librerías de NGS
Xestión de materiais
Proporcionamos a xestión e pedido dos reactivos necesarios para a preparación das librerías de NGS, celas de fluxo e cartuchos para a aplicación de secuenciación requerida.
Análises de datos bioinformáticos
Entregamos os resultados en formatos de arquivo de secuenciación que conteñen os datos sen procesar e ofrecemos procesamento e análises especializados de datos NGS: control de calidade, de-multiplexación, aliñamento e análises posteriores.
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