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La plataforma transcriptómica más avanzada ya está en el IDIS y permite analizar la expresión de genes de cualquier muestra biológica

11 May 2022

  • El Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela, IDIS, adquiere tecnología de vanguardia para ‘transcribir’ la parte funcional del genoma, que ejecuta las funciones en el cuerpo de un ser vivo

 

Santiago de Compostela, 05 de mayo de 2022. El IDIS cuenta ya con una Plataforma transcriptómica, con tecnología Nanostring n-Counter Max, más moderna que la anteriormente existente. La máquina ha sido adquirida por el IDIS a través del grupo de investigación liderado, Antonio Salas Ellacuriaga y Federico Martinón Torres. Ambos investigadores del IDIS apostaron hace más de diez años por desarrollar en su grupo de investigación el análisis de la expresión de los genes y adquirir para ello la tecnología necesaria. Gracias a esta nueva plataforma transcriptómica, el grupo de investigación se sitúa en la vanguardia tecnológica y puede ofrecer este servicio a nivel nacional e internacional, tanto interna como externamente.

El equipo de investigación liderado por Salas y Martinón, con más de dos décadas de experiencia en el análisis del genoma, detectó la necesidad de desarrollar esta tecnología a nivel nacional para el análisis de la expresión de los genes. El objetivo es, en palabras de Salas, “analizar las muestras biológicas con una visión integral, que nos permita leer no solo lo que está escrito en nuestros genes, que al fin y al cabo no deja de ser un libro de instrucciones, sino cómo todas esas instrucciones se traducen realmente en biomoléculas que tienen una función real en el cuerpo humano cuando éste se somete a distintos factores ambientales, tan variados como la nutrición, un patógeno, el deporte, sustancias tóxicas, o un estímulo externo como la música.

Entre los proyectos más destacados desarrollados con estas plataformas están los relacionados con enfermedades infecciosas y vacunas para la COVID-19 o la tuberculosis, así como proyectos en el ámbito del cáncer. Como ejemplo del potencial de la técnica, el grupo de investigación pudo analizar recientemente la expresión génica comparada de muestras de pacientes con COVID-19 en saliva, mucosa nasal y sangre, que solamente podían haberse analizado usando estas plataformas.

Este estudio, liderado íntegramente por los investigadores del IDIS, acaba de ser publicado en la revista internacional Environmental Research (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0013935122002171). Los investigadores detectaron un conjunto de genes y vías específicas de tejido correlacionados con la gravedad de la COVID-19. Esa gravedad a nivel sistémico dependía de la respuesta inmunitaria del epitelio nasal, y la cavidad bucal podría desempeñar un papel clave en la diseminación de infecciones corporales en casos graves.

La tecnología estrella del grupo es el Nanostring n-Counter Max. Hasta hace poco tiempo sólo se podía analizar la expresión de los genes en muestras que poseen una cantidad adecuada del material genético a analizar y de alta calidad. Esta nueva tecnología, sin embargo, permite analizar el material genético de casi cualquier tipo de muestra biológica. El grupo de investigación, dirigido por Salas y Martinón, pone desde hace tiempo a disposición de la comunidad científica las plataformas que su grupo gestiona y que representan una oportunidad a la comunidad científica gallega.

Martinón destaca que “este desarrollo tecnológico alcanza no solo el ámbito de la investigación, sino que también estamos desarrollando ideas en el marco diagnóstico. En poco tiempo estaremos en condiciones de ofrecer soluciones diagnósticas para algunas enfermedades, soluciones que se pueden aproximar mejor desde la expresión de los genes que desde los propios genes, y que pueden revolucionar nuestra capacidad de diagnóstico rutinario en el campo de las enfermedades infecciosas e inflamatorias.

Para el desarrollo de esta plataforma, el equipo de investigación ha adquirido también plataformas complementarias para llevar a cabo la secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing), y que facilitan el análisis de genomas humanos enteros, tanto para la expresión génica como para el estudio del genoma. Según Salas, “no se trata solamente de adquirir la tecnologías sino que, para ponerla a andar, es importante desarrollar recursos informáticos propios. El grupo de investigación que dirigimos cuenta con investigadores e investigadoras altamente capacitados y especializados y que actualmente es capaz de analizar  datos de genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica, etc, para ofrecer a la comunidad científica una visión integral de la biología, caminando así hacia una biología de sistemas”. Resalta Salas que “es un lujo contar en Galicia con los recursos y la ayuda inestimable del Centro de Supercomputación de Galicia (CESGA) y que además usamos sistemáticamente en nuestro trabajo. Igualmente para agilizar muchos procesos computacionales asociados a estas plataformas hemos necesitado instalar localmente nuestros propios recursos de computación, ya que de otro modo no sería viable trabajar con toda esta infraestructura”.

El grupo de investigación dirigido por Salas y Martinón desarrolla proyectos de investigación con instituciones internacionales, como el Imperial College London, Genomic Institute of Singapore, Oxford Gene Technology, Ospidale Pediatico Bambino Gesú, PENTA Fondazione, Oxford University, Bristol University, etc, y también a nivel nacional, como con el Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), el Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias (CIBERES), o la Direcció Clínica Territorial de Malalties Infeccioses i Salut Internacional entre otros.

Salas y Martinón destacan la labor de sus científicos y científicas y analistas de datos en el grupo, empezando por Alberto Gómez Carballa y el grupo multidisciplinar conformado por Xabier Bello Paderne, Jacobo Pardo Seco, Sara Pischedda, Julián Montoto Louzao, Isabel Ferreirós Vidal, Sandra Viz Lasheras, Narmeen Mallah y María José Currás. El grupo suma más de 40 investigadores con un factor de impacto científico acumulado por encima de 5.000, generando más de 20 publicaciones cada año, y participando al máximo nivel en la primera línea de investigación aplicada en infecciones y vacunas. “Todos y cada uno de ellos y ellas son fundamentales para que todas las actividades de investigación funcionen de manera orquestada”, afirman Salas y Martinón.

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